구교와 신교의 갈등이 첨예해지면서 잦은 종교 전쟁이 발생하였다. 특히 독일에서 시작된 30년 전쟁(1618~1648)은 여러 나라가 참전하면서 국제 전쟁의 성격을 띠었다.
아우크스부르크 화의 이후 신성 로마 제국과 교황은 신교를 믿는 지역을 가톨릭 제후의 통치 지역으로 포섭하였다. 이에 대항하여 신교 측은 프리드리히 5세를 중심으로 신교 연합을 구성하였다. 이후 1619년 가톨릭교도인 페르디난트 2세가 황제가 되면서 신교를 탄압하자, 보헤미아 지역에서는 프리드리히 5세를 왕으로 추대하며 저항하였다.
페르디난트 2세는 가톨릭 연맹과 에스파냐의 지원을 바탕으로 전쟁에서 승리하였다. 그러나 이후 덴마크, 네덜란드, 노르웨이, 스웨덴 등이 신교를 지원하고 에스파냐, 오스트리아 등이 구교를 지원하면서 전쟁은 장기화하였다. 이 전쟁으로 에스파냐의 동맹국 오스트리아의 합스부르크가는 큰 타격을 받았고, 프랑스가 유럽의 새로운 지배 세력으로 등장하게 되었다.
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